Conformados por investigadores y jóvenes investigadores, se encargan de proponer y gestionar proyectos dentro del marco de las líneas de investigación, con base en un plan estratégico, del cual se derivan resultados de nuevo conocimiento. Un grupo de investigación se reconoce como tal y permanece en el tiempo, siempre y cuando desarrolle proyectos que cuenten con un anteproyecto previamente aprobado por el CI y el CIPADE y demuestre producción con resultados tangibles y verificables. El líder del grupo de investigación tiene a cargo la orientación, seguimiento y control de los procesos investigativos al interior del grupo. La Universidad de Boyacá cuenta con 6 líneas de investigación y 54 sub-líneas que trazan la hoja de ruta de los 18 grupos de investigación institucionales.